Michele Šego vratio se nakon dvije i pol godine na Poljud nakon što su HNK Hajduk i NK Varaždin postigli dogovor o njegovom transferu. Šego je na Poljudu potpisao ugovor s Bijelima u trajanju do ljeta 2028. godine, a opet je preuzeo svoj broj 15, koji je u Hajduku nosio i na početku svoje seniorske karijere, objavio je klub iz Splita.

Za Varaždin je ove sezone odigrao 19 utakmica te postigao 4 pogotka uz 4 asistencije. U sezoni 23/24 za Varaždin je odigrao ukupno 35 utakmica u kojima je postigao 3 pogotka uz 5 asistencija. 

Michele je prve nogometne korake napravio u Omladincu iz Vranjica, zatim je preselio u Adriatic odakle je 2015. godine stigao u Hajdukovu Akademiju gdje je konstantno pokazivao kako se radi o igraču velikog potencijala. S nešto više od 16 godina počeo je nastupati za nekadašnju Hajdukovu drugu momčad, a za prvu momčad debitirao je sa 17 i pol godina u 5:0 pobjedi protiv Cibalije u Vinkovcima. Bilo je to 2018. godine. Za Hajduk je odigrao ukupno 15 službenih utakmica i zabio jedan pogodak.

Od 2020. do odlaska iz Hajduka igrao je na posudbama u Slaven Belupu, slovenskom Bravu, Dugopolju i Varaždinu kamo je na koncu transferiran te je u posljednje dvije sezone igrao najbolji nogomet karijere. 

"Sjajan je osjećaj vratiti se u Hajduk. Nakon par godina izbivanja i dokazivanja okolnim putem, konačno je sve došlo na svoje i vratio sam se kući. Mislim da sam sazrio, naučio puno toga i spreman sam na novo dokazivanje. Prvi put se nisam baš snašao, ali dobro mi je došlo sve što se kasnije događalo, skupio sam jedno odlično iskustvo. Zadnje dvije godine u Varaždinu bio sam zdrav, bez ozljeda, igrao sam dobro i tako želim nastaviti u Hajdukovom dresu. Ekipu poznajem iz međusobnih susreta, ne tako dobro osobno, ali imam vremena bolje se upoznati sa svima i veselim se tome. Moja očekivanja su najveća moguća, svi znamo koliko je Klub velik i što se traži, a moja osobna samo da ostanem zdrav", rekao je Šego nakon potpisa za Bijele.